Volume 19, Numero 5—Maggio 2013
Ricerca
Sequenza Genomica e Analisi Filogenetica di un Nuovo Betacoronavirus umano
Matthew Cotten, Tommy T. Lam, Simon J. Watson, Anne L. Palser, Velislava Petrova, Paul Grant, Oliver G. Pybus, Andrew Rambaut, Yi Guan, Deenan Pillay, Paul Kellam
Author affiliations: Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK (M. Cotten, S.J. Watson, A.L. Palser, V. Petrova, P. Kellam); University of Oxford, Oxford, UK (T.T. Lam, O.G. Pybus); University College London, London, UK (D. Pillay, P. Kellam); University College London Hospitals,; London (P.Grant, E. Nastouli); University of Edinburgh, Edinburgh, Scotland, UK (A. Rambaut); Fogarty International Center–National Institutes for Health, Bethesda, Maryland, USA (A. Rambaut); The University of Hong Kong, Hong Kong (Y. Guan)
Abstract
Un nuovo betacoronavirus associato a complicazioni letali respiratorie e renali è stato recentemente identificato in pazienti di vari Paesi del Medio Oriente. Riportiamo la seguenza genetica di un virus proveniente direttamente dallo sputo di un paziente. La nostra proceduta di sequenziamento ad alta capacità ha prodotto una sequenza genetica di profondità sostanziale e ha mostrato varianti virali minoritarie nel campione. Una analisi filogenetica dettagliata del genoma virale (England/Qatar/2012) ha rivelato la sua stretta correlazione ai betacoronavirus dei pipistelli della regione Europea circolanti fra le specie appartenenti alla famiglia Vespertilionidae. L’analisi dell’orologio molecolare ha mostrato che le due infezioni umane causate da questo nuovo betacoronavirus avvenute nel giugno 2012 (EMC/2012) e settembre 2012 (England/Qatar/2012) condividono un antenato comune risalente, con molta probabilità, considerevolmente prima dell’inizio del 2012, cosa che suggerisce che la diversità genetica dei virus umani è il risultato di eventi zoonotici multipli.
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Sequenza Genomica e Analisi Filogenetica di un Nuovo Betacoronavirus umano
Matthew Cotten, Tommy T. Lam, Simon J. Watson, Anne L. Palser, Velislava Petrova, Paul Grant, Oliver G. Pybus, Andrew Rambaut, Yi Guan, Deenan Pillay, Paul Kellam
Author affiliations: Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK (M. Cotten, S.J. Watson, A.L. Palser, V. Petrova, P. Kellam); University of Oxford, Oxford, UK (T.T. Lam, O.G. Pybus); University College London, London, UK (D. Pillay, P. Kellam); University College London Hospitals,; London (P.Grant, E. Nastouli); University of Edinburgh, Edinburgh, Scotland, UK (A. Rambaut); Fogarty International Center–National Institutes for Health, Bethesda, Maryland, USA (A. Rambaut); The University of Hong Kong, Hong Kong (Y. Guan)
Abstract
Un nuovo betacoronavirus associato a complicazioni letali respiratorie e renali è stato recentemente identificato in pazienti di vari Paesi del Medio Oriente. Riportiamo la seguenza genetica di un virus proveniente direttamente dallo sputo di un paziente. La nostra proceduta di sequenziamento ad alta capacità ha prodotto una sequenza genetica di profondità sostanziale e ha mostrato varianti virali minoritarie nel campione. Una analisi filogenetica dettagliata del genoma virale (England/Qatar/2012) ha rivelato la sua stretta correlazione ai betacoronavirus dei pipistelli della regione Europea circolanti fra le specie appartenenti alla famiglia Vespertilionidae. L’analisi dell’orologio molecolare ha mostrato che le due infezioni umane causate da questo nuovo betacoronavirus avvenute nel giugno 2012 (EMC/2012) e settembre 2012 (England/Qatar/2012) condividono un antenato comune risalente, con molta probabilità, considerevolmente prima dell’inizio del 2012, cosa che suggerisce che la diversità genetica dei virus umani è il risultato di eventi zoonotici multipli.
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