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Seasonal Flu - H274Y also in Washington - Tamiflu resistant but Adamantane sensitive ??

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  • #16
    Re: Seasonal Flu - H274Y also in Washington - Tamiflu resistant but Adamantane sensitive ??

    If you choose a few H1N1s from December 2008, then that Washington sample, then a few obviously new H1N1s and do an alignment - the Washington clearly matches 2008 H1N1.

    Here are some HAs:

    Code:
    Positions from 1 till 60
     Consensus sequence   M K V K L L V L L C T F T A T Y A D T I C I G Y H A N N S T D T V D T V L E K N V T V T H S V N L L E N S H N G K L C L 
    ACM51274  A/Maryland/05/2008(H1N1) . . . . . . I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACM51261  A/Virginia/03/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACM51298  A/North Dakota/01/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACS94541  A/[B]Washington[/B]/01/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACP41926  A/California/05/2009(H1N1) . . A I . V . M . Y . . A T A N . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . D K . . . . . . K 
    ACR08529  A/New Jersey/01/2009(H1N1) . . A I . V . . . Y . . A T A N . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . D K . . . . . . K 
    ACR08541  A/New York/04/2009(H1N1) . . A I . V . . . Y . . A T A N . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . D K . .
    Here are some NAs:

    Code:
    Positions from 1 till 60
     Consensus sequence   M N P N Q K I I T I G S I S I A I G I I S L M L Q I G N I I S I W A S H S I Q T G S Q N N T G I C N Q R I I T Y E N S T 
    ACM51293  A/Illinois/16/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACM51319  A/Michigan/06/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACM51256  A/Nebraska/07/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACM51306  A/Minnesota/27/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACS94505  A/[B]Washington[/B]/01/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
    ACP41107  A/California/04/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . V C M T . . M A N . I . . . . . . . . . . I . . . . . L . N . . Q I E T . . . S V . . . . . N . 
    ACP41947  A/Texas/05/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . V C M T . . M A N . I . . . . . . . . . . I . . . . . L . N . . Q I E T . . . S V . . . . . N . 
    ACQ76379  A/Indiana/09/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . V C M T . . M A N . I . . . . . . . . . . I . . . . . L . N . . Q I E T . . . S V . . . K . N . 
    ACP44181  A/Ohio/07/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . V C M T . . M A N . I . . . . . . . . . . I . . . . . L . N . . Q I E T . . . S V . . . . . N .
    .
    Last edited by AlaskaDenise; July 2, 2009, 09:47 PM. Reason: add NA
    "The next major advancement in the health of American people will be determined by what the individual is willing to do for himself"-- John Knowles, Former President of the Rockefeller Foundation

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