Re: Seasonal Flu - H274Y also in Washington - Tamiflu resistant but Adamantane sensitive ??
If you choose a few H1N1s from December 2008, then that Washington sample, then a few obviously new H1N1s and do an alignment - the Washington clearly matches 2008 H1N1.
Here are some HAs:
Here are some NAs:
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If you choose a few H1N1s from December 2008, then that Washington sample, then a few obviously new H1N1s and do an alignment - the Washington clearly matches 2008 H1N1.
Here are some HAs:
Code:
Positions from 1 till 60 Consensus sequence M K V K L L V L L C T F T A T Y A D T I C I G Y H A N N S T D T V D T V L E K N V T V T H S V N L L E N S H N G K L C L ACM51274 A/Maryland/05/2008(H1N1) . . . . . . I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACM51261 A/Virginia/03/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACM51298 A/North Dakota/01/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACS94541 A/[B]Washington[/B]/01/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACP41926 A/California/05/2009(H1N1) . . A I . V . M . Y . . A T A N . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . D K . . . . . . K ACR08529 A/New Jersey/01/2009(H1N1) . . A I . V . . . Y . . A T A N . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . D K . . . . . . K ACR08541 A/New York/04/2009(H1N1) . . A I . V . . . Y . . A T A N . . . L . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . D K . .
Code:
Positions from 1 till 60 Consensus sequence M N P N Q K I I T I G S I S I A I G I I S L M L Q I G N I I S I W A S H S I Q T G S Q N N T G I C N Q R I I T Y E N S T ACM51293 A/Illinois/16/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACM51319 A/Michigan/06/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACM51256 A/Nebraska/07/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACM51306 A/Minnesota/27/2008(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACS94505 A/[B]Washington[/B]/01/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACP41107 A/California/04/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . V C M T . . M A N . I . . . . . . . . . . I . . . . . L . N . . Q I E T . . . S V . . . . . N . ACP41947 A/Texas/05/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . V C M T . . M A N . I . . . . . . . . . . I . . . . . L . N . . Q I E T . . . S V . . . . . N . ACQ76379 A/Indiana/09/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . V C M T . . M A N . I . . . . . . . . . . I . . . . . L . N . . Q I E T . . . S V . . . K . N . ACP44181 A/Ohio/07/2009(H1N1) . . . . . . . . . . . . V C M T . . M A N . I . . . . . . . . . . I . . . . . L . N . . Q I E T . . . S V . . . . . N .
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