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Virologie - Grippe aviaire - Le virus H7N9 ... - M. Mackay, PhD.
Crédits: Laurie Garrett
Traduction automatique
Grippe aviaire Le virus H7N9 ...
Dernière mise à jour 16-Apr-2013
Écrit par Ian M. Mackay, PhD.
Taxonomie Influenzavirus
Ordre Non attribué
Famille Orthomyxoviridae
Genres Influenzavirus A, Influenzavirus B, Influenzavirus C
Espèce Un virus de la grippe, le virus de la grippe B, l'influenza virus C
Génome (-) À ARN simple brin, 7 (IFCV) - 8 (iFav / IFBV) segments (~ 14kb longueur totale)
Gènes 1a, 1b, S, E, M, N, Assrtd ORFs
Virion Enveloppé, approximativement sphérique, 80-120nm
La souche dernière influenzavirus aviaire ajouté à la liste des agents responsables de la «grippe aviaire» est appelé H7N9 - une référence colorée excitant de ses protéines de surface (voir la grippe clés de fond ). H7N9 est considéré comme un virus influenza aviaire faiblement pathogène (LPAIV) ... du moins chez ses hôtes à plumes. H7N9 était autrefois considéré comme une cause relativement rare de l'infection, bien que largement et régulièrement comment il a été cherché dans le passé n'est pas claire. H7N9 est semblable à ses cousins plus étroits, H7N2, H7N3 et H7N7 et son cousin plus éloigné H5N1 en ce qu'ils sont tous IFAVs et habituellement ils infectent les oiseaux. Cependant, ils sont tous très différents et composée de différents gènes
Cette souche de H7N9 est une iFav qui a évolué chez les oiseaux. Toutefois, lorsque des cas d'infection par elle ont été signalés pour la première fois chez l'homme (Chine, Mars 2013; endroits très générales sur des cas confirmés à ce jour sont présentés dans le tableau ci-contre), elle était liée à ses deux premiers décès 10 dans cet hôte (un homme 87 ans [87M, malade 19.02, 04.03 morts, 2 membre (s) ont également signalé des mauvais 12 avec une pneumonie, mais négatif H7N9] et de 27 ans boucher âgé [27M, 27.02 malade et mourut 10,03], à la fois en maladie Shanghai, Chine) ou critique (35F à Chuzhou ville). Depuis lors, des cas ont lentement mais constamment grimper, à un rythme croissant. Parce qu'il ya un délai entre le début de la maladie et confirmation en laboratoire de 10-13 jours, les nouveaux cas ont commencé début de la maladie remonte quelque sorte faire revenir, il est encore difficile de juger de l'impact des mesures de contrôle direct, comme la fermeture des marchés d'animaux et l'abattage des animaux, le interruption de la transmission. Une ligne du temps des premiers cas est illustré ci-dessous et plus d'informations sur un placement précis des cas peuvent être trouvés en utilisant cette carte excellente .
Numéros rapides ...
Total des cas humains confirmés de grippe A H7N9 virus: 72
Nombre total de décès attribuables à l'infection par le virus grippal A H7N9: 14
Courant Taux de létalité (CFR * ): 19%
Délai moyen entre la survenue de la maladie de première confirmation de H7N9 (en jours): 9
L'âge moyen des cas H7N9 confirmés (y compris les décès, années): 59
L'âge médian des cas confirmés H7N9 (y compris les décès, années): 63
La mode des âges parmi les cas confirmés (y compris les décès, années): 74
Moyenne d'âge de la personne décédée (années): 62
Hommes: 71% des cas, 71% des décès
* Il s'agit du nombre basé sur le test très limité et la compréhension des présentations d'acquisition, de transmission et cliniques associés à H7N9. Il est encore très tôt, mais ce nombre vous donne une idée de notre compréhension à l' heure actuelle . Il va certainement changer dans les prochains jours, des semaines et des années.
Schéma d'une grippe A virion virus.
Ab Osterhaus, Centre médical Erasmus [NLD] noté comme d'autres, que H7N9 semble avoir déjà adapté à un hôte mammifère dans une certaine mesure mais il n'est pas entièrement adapté à l'homme ... pour le moment.
Le problème dénominateur ...
Vous souvenez peut-être vos premiers cours de mathématiques que les fractions ont à la fois un numérateur (le nombre sur le haut ou devant une barre oblique / ligne, qui représente une partie de l'ensemble) et un dénominateur (le nombre de zéro sur le fond ou après la ligne qui représente l'ensemble des pièces de l'ensemble). Le virus grippal A H7N9 épidémie, à ce jour, a été la plupart du temps sur les cas les plus graves - les personnes admises à l'hôpital ont besoin d'aide pour respirer (besoin d'oxygène ou une ventilation mécanique) - et nous ne voyons pas beaucoup de cas bénins. C'est peut-être parce qu'il n'y a pas de cas bénins (bien que quelques-uns font leur apparition chez les enfants et les adultes maintenant) ou il se peut que nous ne faisons que tester le pire des cas et n'est pas encore le dépistage, en utilisant le test de laboratoire plutôt que des questions et réponses entrevues, les cas bénins de la maladie. Plus doux de nombreuses maladies respiratoires peuvent se ressembler basé sur les signes et les symptômes, mais peut être causée (et j'utilise ce mot avec prudence) par de très nombreux virus respiratoires ", il peut y avoir des cas d'infection des voies respiratoires qui circulent en Chine qui sont-H7N9 positif, mais pas suffisamment grave pour justifier une admission à l'hôpital ou même un voyage chez le médecin. Jusqu'à ce que nous en savoir plus sur cette partie de l'histoire H7N9, nous ne savons pas le nombre total d'infections H7N9 qui se produisent, afin que nous puissions " t calculer le véritable dénominateur. plus d'informations à ce sujet dans un article récent .
Évidemment, si le dénominateur est petit (comme il est maintenant avec si peu de cas de test uniquement et des régents en train de devenir largement disponibles), nous voyons une forte proportion (pourcentage) d'une maladie grave (x cas les plus graves sur un petit nombre de cas totaux est un proportion élevée). S'il ya des cas bénins de l'infection H7N9 là-bas (comme nous l'avons vu "> aujourd'hui , 15/04/13) et ils sont en grand nombre, ce dénominateur pourrait être beaucoup plus importante et les cas de maladies graves sera "dilué" vers le bas , dans une moindre proportion (x cas les plus graves sur un grand nombre de cas graves doux + au total une faible proportion).
Génome, séquençage génétique et influenzaviruses connexes ...
Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) a séquencé trois patients «génomes de virus H7N9 et tous ont été étroitement liée lorsqu'il est examiné point de vue phylogénétique. Cependant, l'une des souches de Shanghai (A/Shanghai/1/2013 du mâle de 87 ans [87M] décédé 10.03) était moins similaire à A/Shanghai/2/2013 (27M décédé 10.03) et A Anhui / / 1/2013 (35F, l'apparition des symptômes 09.03). Il y avait undifférence particulière dans le gène NP (segment 5). Le virus est une combinaison d'un virus H7N3 chez des canards, un H7N9 chez des oiseaux sauvages et un H9N2 à partir d'un Pinson du Nord , A/brambling/Beijing/16/2012) des virus. Marqueurs dans les séquences génétiques du H7N9 recombinant indiquent la capacité de se fixer aux cellules de mammifères et de se développer à des températures plus chaudes que le corps des oiseaux température, proche de la température d'un être humain. Un expert, le professeur Ron Fouchier du Centre médical Erasmus (NLD) note que le virus ressemble déjà plus comme un virus des mammifères que l'une aviaire à certains égards.
D'autres souches de la grippe H7 (par exemple, H7N2, H7N3, H7N7) ont infecté des humains avant même si, autant que nous le savons, dans une grande mesure. Pas de H7N9 a été détecté précédemment. Jusqu'à présent, l'animal hôte de cette épidémie H7N9 échappe à la découverte , mais il ne reste aucune preuve que l'homme à l'homme de transmission s'est produite. Il n'est pas clair s'il existe une preuve qu'il est pas cependant se produire.
Questions nécessitant des réponses ...
[Avec nos remerciements au Dr Katherine Arden pour contribuer aux questions et réflexions ci-dessous]
Ont co-infections virales et bactériennes super-infections été demandée, ou exclus, les décès H7N9 à ce jour? Comment pouvons-nous en toute confiance décès directement associé dans les 14 (à partir du 15 Avril) H7N9 cas positifs avec H7N9 infection?
Quel est le rôle des milliers de porcs trouvés morts dans la rivière Huangpu jouer dans le déclenchement H7N9, 39 de 16.000 (0,2%) étaient carcasses H7N9 négatif, mais est-ce un échantillon suffisant pour écarter le virus en tant que cause de décès? Était le circovirus porcin (seulement 1/39 étaient positifs ) la cause de la maladie qui aurait déclenché leur dumping? Si ce n'est pas (les porcs étaient adultes PCV habituellement tue les fœtus et les porcelets, mais pas toujours ), qu'est-ce que dégoûter les porcs?
Quelle était la cause de la pneumonie dans les deux H7N9 négatifs fils du H7N9 positif 87yr vieux mâle qui est mort d'une pneumonie? L'OMS se penchent sur ce sujet.
Les séquences H7N9 seraient aviaire, mais il semble y avoir des différences entre Shanghai et les souches Anhui et un élément qui montre l'adaptation à un hôte humain. Est-ce à dire qu'il n'y a plus d 'une épidémie avec peut-être des différences dans l'adaptation d'hôte ou tout simplement un rappel des influenzavirus innée instabilité ?
Yat-il un test sérologique spécifique encore fait? Savons-nous si doux, ou au moins non-pneumonie, H7N9 cas se produisent? Nous le faisons à partir du 15 Avril of .
Si le virus n'est pas transmissible entre humains, comment avez tant de cas disparates se produire? Y at-il une vie active et massivement multi-espèces éclosion d'influenza aviaire se produisent à partir de laquelle les êtres humains sont ramasser les infections ou (? Et) y at-il beaucoup de doux ou subclinique cas humains (nous savons maintenant de 1) qui ne répondent pas aux critères de notation arbitraires cliniques pour justifier laboratoire tester?
Sont les 600 contacts + étant un dépistage de l'ARN viral ou clinique "anomalie" uniquement déterminé par interview et auto-déclarée la maladie? Y at-il une preuve que les patients sont H7N9 ARN négatif afin d'exclure les infections bénignes ou infracliniques?
/.../
Une ligne du temps de la première H7N9 cas humains confirmés. Les données sur la date d'apparition des symptômes et la date d'hospitalisation semble devenir plus difficile à trouver dans les versions initiales, de sorte que certains retards se produiront que je chercher plus d'informations. Informations sur le contact avec les animaux est rare donc cet aspect est probablement sous-représentés ci-dessus. Chaque segment sur l'axe est une semaine. Les cases vides indiquent un patient (âge et sexe par écrit dans). Ouvrez les boîtes sont terminés, soit en continuant cas ou dates n'a pu être déterminée. Boîtes roses sont les cas qui ont d'humain à humain infection confirmée. Les numéros hachés (# 1, # 2, etc) précédant chaque barre indiquent le cas n ° selon les FluTrackers chronologique schéma de numérotation . * Les deux fils de 87M ont été initialement largement présentés comme des résultats négatifs pour H7N9, ce sont des cas hors concours qui crient le potentiel humain à humain (H2H) de transmission, néanmoins OMS déclare que n'existe pas encore de données pour confirmer le transfert de H2H. L'OMS déclare qu'il "est présentement à la publication d'informations sur les cas confirmés en laboratoire reçus par la notification officielle de la réglementation nationale chinoise sanitaire international (RSI) Point focal fois par jour. Cette notification formelle et la publication suit la vérification des informations, et peuvent donc venir après , ou pas, certains cas rapportés par les médias publics et d'autres sources
/.../
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Grippe aviaire Le virus H7N9 ...
Dernière mise à jour 16-Apr-2013
Écrit par Ian M. Mackay, PhD.
Taxonomie Influenzavirus
Ordre Non attribué
Famille Orthomyxoviridae
Genres Influenzavirus A, Influenzavirus B, Influenzavirus C
Espèce Un virus de la grippe, le virus de la grippe B, l'influenza virus C
Génome (-) À ARN simple brin, 7 (IFCV) - 8 (iFav / IFBV) segments (~ 14kb longueur totale)
Gènes 1a, 1b, S, E, M, N, Assrtd ORFs
Virion Enveloppé, approximativement sphérique, 80-120nm
La souche dernière influenzavirus aviaire ajouté à la liste des agents responsables de la «grippe aviaire» est appelé H7N9 - une référence colorée excitant de ses protéines de surface (voir la grippe clés de fond ). H7N9 est considéré comme un virus influenza aviaire faiblement pathogène (LPAIV) ... du moins chez ses hôtes à plumes. H7N9 était autrefois considéré comme une cause relativement rare de l'infection, bien que largement et régulièrement comment il a été cherché dans le passé n'est pas claire. H7N9 est semblable à ses cousins plus étroits, H7N2, H7N3 et H7N7 et son cousin plus éloigné H5N1 en ce qu'ils sont tous IFAVs et habituellement ils infectent les oiseaux. Cependant, ils sont tous très différents et composée de différents gènes
Cette souche de H7N9 est une iFav qui a évolué chez les oiseaux. Toutefois, lorsque des cas d'infection par elle ont été signalés pour la première fois chez l'homme (Chine, Mars 2013; endroits très générales sur des cas confirmés à ce jour sont présentés dans le tableau ci-contre), elle était liée à ses deux premiers décès 10 dans cet hôte (un homme 87 ans [87M, malade 19.02, 04.03 morts, 2 membre (s) ont également signalé des mauvais 12 avec une pneumonie, mais négatif H7N9] et de 27 ans boucher âgé [27M, 27.02 malade et mourut 10,03], à la fois en maladie Shanghai, Chine) ou critique (35F à Chuzhou ville). Depuis lors, des cas ont lentement mais constamment grimper, à un rythme croissant. Parce qu'il ya un délai entre le début de la maladie et confirmation en laboratoire de 10-13 jours, les nouveaux cas ont commencé début de la maladie remonte quelque sorte faire revenir, il est encore difficile de juger de l'impact des mesures de contrôle direct, comme la fermeture des marchés d'animaux et l'abattage des animaux, le interruption de la transmission. Une ligne du temps des premiers cas est illustré ci-dessous et plus d'informations sur un placement précis des cas peuvent être trouvés en utilisant cette carte excellente .
Numéros rapides ...
Total des cas humains confirmés de grippe A H7N9 virus: 72
Nombre total de décès attribuables à l'infection par le virus grippal A H7N9: 14
Courant Taux de létalité (CFR * ): 19%
Délai moyen entre la survenue de la maladie de première confirmation de H7N9 (en jours): 9
L'âge moyen des cas H7N9 confirmés (y compris les décès, années): 59
L'âge médian des cas confirmés H7N9 (y compris les décès, années): 63
La mode des âges parmi les cas confirmés (y compris les décès, années): 74
Moyenne d'âge de la personne décédée (années): 62
Hommes: 71% des cas, 71% des décès
* Il s'agit du nombre basé sur le test très limité et la compréhension des présentations d'acquisition, de transmission et cliniques associés à H7N9. Il est encore très tôt, mais ce nombre vous donne une idée de notre compréhension à l' heure actuelle . Il va certainement changer dans les prochains jours, des semaines et des années.
Schéma d'une grippe A virion virus.
Ab Osterhaus, Centre médical Erasmus [NLD] noté comme d'autres, que H7N9 semble avoir déjà adapté à un hôte mammifère dans une certaine mesure mais il n'est pas entièrement adapté à l'homme ... pour le moment.
Le problème dénominateur ...
Vous souvenez peut-être vos premiers cours de mathématiques que les fractions ont à la fois un numérateur (le nombre sur le haut ou devant une barre oblique / ligne, qui représente une partie de l'ensemble) et un dénominateur (le nombre de zéro sur le fond ou après la ligne qui représente l'ensemble des pièces de l'ensemble). Le virus grippal A H7N9 épidémie, à ce jour, a été la plupart du temps sur les cas les plus graves - les personnes admises à l'hôpital ont besoin d'aide pour respirer (besoin d'oxygène ou une ventilation mécanique) - et nous ne voyons pas beaucoup de cas bénins. C'est peut-être parce qu'il n'y a pas de cas bénins (bien que quelques-uns font leur apparition chez les enfants et les adultes maintenant) ou il se peut que nous ne faisons que tester le pire des cas et n'est pas encore le dépistage, en utilisant le test de laboratoire plutôt que des questions et réponses entrevues, les cas bénins de la maladie. Plus doux de nombreuses maladies respiratoires peuvent se ressembler basé sur les signes et les symptômes, mais peut être causée (et j'utilise ce mot avec prudence) par de très nombreux virus respiratoires ", il peut y avoir des cas d'infection des voies respiratoires qui circulent en Chine qui sont-H7N9 positif, mais pas suffisamment grave pour justifier une admission à l'hôpital ou même un voyage chez le médecin. Jusqu'à ce que nous en savoir plus sur cette partie de l'histoire H7N9, nous ne savons pas le nombre total d'infections H7N9 qui se produisent, afin que nous puissions " t calculer le véritable dénominateur. plus d'informations à ce sujet dans un article récent .
Évidemment, si le dénominateur est petit (comme il est maintenant avec si peu de cas de test uniquement et des régents en train de devenir largement disponibles), nous voyons une forte proportion (pourcentage) d'une maladie grave (x cas les plus graves sur un petit nombre de cas totaux est un proportion élevée). S'il ya des cas bénins de l'infection H7N9 là-bas (comme nous l'avons vu "> aujourd'hui , 15/04/13) et ils sont en grand nombre, ce dénominateur pourrait être beaucoup plus importante et les cas de maladies graves sera "dilué" vers le bas , dans une moindre proportion (x cas les plus graves sur un grand nombre de cas graves doux + au total une faible proportion).
Génome, séquençage génétique et influenzaviruses connexes ...
Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) a séquencé trois patients «génomes de virus H7N9 et tous ont été étroitement liée lorsqu'il est examiné point de vue phylogénétique. Cependant, l'une des souches de Shanghai (A/Shanghai/1/2013 du mâle de 87 ans [87M] décédé 10.03) était moins similaire à A/Shanghai/2/2013 (27M décédé 10.03) et A Anhui / / 1/2013 (35F, l'apparition des symptômes 09.03). Il y avait undifférence particulière dans le gène NP (segment 5). Le virus est une combinaison d'un virus H7N3 chez des canards, un H7N9 chez des oiseaux sauvages et un H9N2 à partir d'un Pinson du Nord , A/brambling/Beijing/16/2012) des virus. Marqueurs dans les séquences génétiques du H7N9 recombinant indiquent la capacité de se fixer aux cellules de mammifères et de se développer à des températures plus chaudes que le corps des oiseaux température, proche de la température d'un être humain. Un expert, le professeur Ron Fouchier du Centre médical Erasmus (NLD) note que le virus ressemble déjà plus comme un virus des mammifères que l'une aviaire à certains égards.
D'autres souches de la grippe H7 (par exemple, H7N2, H7N3, H7N7) ont infecté des humains avant même si, autant que nous le savons, dans une grande mesure. Pas de H7N9 a été détecté précédemment. Jusqu'à présent, l'animal hôte de cette épidémie H7N9 échappe à la découverte , mais il ne reste aucune preuve que l'homme à l'homme de transmission s'est produite. Il n'est pas clair s'il existe une preuve qu'il est pas cependant se produire.
Questions nécessitant des réponses ...
[Avec nos remerciements au Dr Katherine Arden pour contribuer aux questions et réflexions ci-dessous]
Ont co-infections virales et bactériennes super-infections été demandée, ou exclus, les décès H7N9 à ce jour? Comment pouvons-nous en toute confiance décès directement associé dans les 14 (à partir du 15 Avril) H7N9 cas positifs avec H7N9 infection?
Quel est le rôle des milliers de porcs trouvés morts dans la rivière Huangpu jouer dans le déclenchement H7N9, 39 de 16.000 (0,2%) étaient carcasses H7N9 négatif, mais est-ce un échantillon suffisant pour écarter le virus en tant que cause de décès? Était le circovirus porcin (seulement 1/39 étaient positifs ) la cause de la maladie qui aurait déclenché leur dumping? Si ce n'est pas (les porcs étaient adultes PCV habituellement tue les fœtus et les porcelets, mais pas toujours ), qu'est-ce que dégoûter les porcs?
Quelle était la cause de la pneumonie dans les deux H7N9 négatifs fils du H7N9 positif 87yr vieux mâle qui est mort d'une pneumonie? L'OMS se penchent sur ce sujet.
Les séquences H7N9 seraient aviaire, mais il semble y avoir des différences entre Shanghai et les souches Anhui et un élément qui montre l'adaptation à un hôte humain. Est-ce à dire qu'il n'y a plus d 'une épidémie avec peut-être des différences dans l'adaptation d'hôte ou tout simplement un rappel des influenzavirus innée instabilité ?
Yat-il un test sérologique spécifique encore fait? Savons-nous si doux, ou au moins non-pneumonie, H7N9 cas se produisent? Nous le faisons à partir du 15 Avril of .
Si le virus n'est pas transmissible entre humains, comment avez tant de cas disparates se produire? Y at-il une vie active et massivement multi-espèces éclosion d'influenza aviaire se produisent à partir de laquelle les êtres humains sont ramasser les infections ou (? Et) y at-il beaucoup de doux ou subclinique cas humains (nous savons maintenant de 1) qui ne répondent pas aux critères de notation arbitraires cliniques pour justifier laboratoire tester?
Sont les 600 contacts + étant un dépistage de l'ARN viral ou clinique "anomalie" uniquement déterminé par interview et auto-déclarée la maladie? Y at-il une preuve que les patients sont H7N9 ARN négatif afin d'exclure les infections bénignes ou infracliniques?
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Une ligne du temps de la première H7N9 cas humains confirmés. Les données sur la date d'apparition des symptômes et la date d'hospitalisation semble devenir plus difficile à trouver dans les versions initiales, de sorte que certains retards se produiront que je chercher plus d'informations. Informations sur le contact avec les animaux est rare donc cet aspect est probablement sous-représentés ci-dessus. Chaque segment sur l'axe est une semaine. Les cases vides indiquent un patient (âge et sexe par écrit dans). Ouvrez les boîtes sont terminés, soit en continuant cas ou dates n'a pu être déterminée. Boîtes roses sont les cas qui ont d'humain à humain infection confirmée. Les numéros hachés (# 1, # 2, etc) précédant chaque barre indiquent le cas n ° selon les FluTrackers chronologique schéma de numérotation . * Les deux fils de 87M ont été initialement largement présentés comme des résultats négatifs pour H7N9, ce sont des cas hors concours qui crient le potentiel humain à humain (H2H) de transmission, néanmoins OMS déclare que n'existe pas encore de données pour confirmer le transfert de H2H. L'OMS déclare qu'il "est présentement à la publication d'informations sur les cas confirmés en laboratoire reçus par la notification officielle de la réglementation nationale chinoise sanitaire international (RSI) Point focal fois par jour. Cette notification formelle et la publication suit la vérification des informations, et peuvent donc venir après , ou pas, certains cas rapportés par les médias publics et d'autres sources
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