After reading the recent study possibly linking mutations at position225 with egg passaging, I decided to look at all the records at GISAID and see if the sequence data agreed with the study.
Here's a direct link to the study (hat-tip to IOH); http://vir.sgmjournals.org/cgi/conte...r.0.016691-0v1
All of this information came from the GISAID database, currently containing 4418 pH1N1 isolates.
Thanks to all the originating labs for their work on these sequences.
Here is a list of all the sequences using egg passage which do not have any mutations in positions D225 and Q226:
*note: Some of these were submitted in large groups; where you see "also" means those are part of that group and are of the same time frame with the same passage and no mutations.
RDQ gat
A/Cherkasy/353/2009 RDQ gat 11-02-09 E1
A/Cherkasy/346/2009 RDQ gat 11-02-09 E1
A/Cherkasy/332/2009 RDQ gat 10-30-09 E1
A/Cherkasy/333/2009 RDQ gat 11-02-09 E1
A/Cherkasy/335/2009 RDQ gat 11-02-09 E1
A/Cherkasy/321/2009 RDQ gat 11-01-09 E1
A/Russia/61/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/4/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/180/2009 11-05-09 RDQ gat E1
A/Russia/171/2009 11-12-09 RDQ gat E1
A/Russia/12/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/191/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/14/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/74,178,190,200 RDQ gat E1
A/Argentina/HNRG5/2009 06-22-09 RDQ gat E1
Also:>48,45,44,42,41,40,39,37,36,33,32,31,30,3,23, 21,
18,17,15,14,13>all gat E1
A/Russia/165/2009 11-10-09 RDQ gat E1
A/Russia/19/2009 11-01-09 RDQ gat E1 1151-
A/Fujian/SWL3/2009 05-29-09 RDQ gat E1
A/Panama/303373/2009 05-18-09 RDQ gat E1
Also: 303370, 303360, 303328, 303270, 303246
Also: 303238, 303066, 303053, 303052
A/Mexico/4108/2009 04-03-09 RDQ gat E1
A/Delaware/03/2009 04-28-09 RDQ gat E1
A/Delaware/02/2009 04-28-09 RDQ gat E1
A/Guangdong/1/2009 05-18-09 RDQ gat E1
A/Auckland/3/2009 04-25-09 RDQ gat E1
***** Total of 57 with E1
A/Bangladesh/3009/2009 12-19-09 RDQ gat E2
A/Korea/9741/2009 09-22-09 RDQ gat E2
A/Texas/70/2009 09-09-09 RDQ gat E2
A/Tomsk/01/2009 00-00-09 RDQ gat Chicken embryo 2
A/Iraq/8529/2009 09-08-09 RDQ gat E2
A/TASMANIA/2005/2009 07-03-09 RDQ gat E2
A/FIJI/2035/2009 07-02-09 RDQ gat E2
A/FIJI/2029/2009 07-06-09 RDQ gat E2
A/Texas/70/2009 09-09-09 RDQ gat E2
A/Texas/04/2009 04-14-09 RDQ gat E2
A/Korea/9741/2009 09-22-09 RDQ gat E2
A/Fujian/SWL6/2009 05-31-09 RDQ gat E2
A/GUAM/2049/2009 07-23-09 RDQ gat E2
A/DARWIN/2131/2009 08-14-09 RDQ gat E2
A/WELLINGTON/188/2009 07-10-09 RDQ gat E2
A/WELLINGTON/9/2009 06-09-09 RDQ gat E2
A/DARWIN/2124/2009 07-09-09 RDQ gat E2
Also 2125,2126 and Victoria/2083
A/New York/45/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/California/17/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/New York/35/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/New York/39/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/South Carolina/10/2009 04-26-09 RDQ gat E2
A/New York/19/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/New York/17/2009 04-00-09 RDQ gat E2
A/New York/16/2009 04-24-09 RDQ gat E2
A/Colorado/04/2009 04-26-09 RDQ gat E2
A/Colorado/03/2009 04-27-09 RDQ gat E2
A/California/11/2009 04-24-09 RDQ gat E2
A/Arizona/03/2009 04-26-09 RDQ gat E2
A/Arizona/02/2009 04-26-09 RDQ gat E2
A/Shandong/1/2009 05-10-09 RDQ gat E2 4151-
A/New York/21/2009 04-24-09 RDQ gat E2
A/Texas/09/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/New York/28/2009 04-00-09 RDQ gat E2
A/New York/27/2009 04-00-09 RDQ gat E2
Also: A/New York/26/2009 RDQ E2
A/New York/24/2009 RDQ E2
A/New York/23/2009 RDQ E2
Also: NY/14,12,09,18,
A/Mexico/4486/2009 04-14-09 RDQ gat E2
A/Mexico/4482/2009 04-14-09 RDQ gat E2
A/New York/20/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/California/08/2009 04-09-09 RDQ gat E2
A/Kansas/03/2009 04-24-09 RDQ gat E2
A/Auckland/1/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/Mexico/4108/2009 04-03-09 RDQ gat C1/E2
**** Total 52 with E2
A/North Carolina/38/2009 10-21-09 RDQ gat E3
A/Argentina/HNRG20/2009 06-00-09 RDQ gat E3
A/California/08/2009 04-09-09 RDQ gat E3
A/Iraq/8531/2009 09-08-09 RDQ gat E3
A/PORT MORESBY/2009 00-00-09 RDQ gat E3
***** Total 5 with E3
A/Belgorod/05/2009 11-30-09 RDQ gat E3/E1
A/Belarus/94/2009 09-02-09 RDQ gat E1,E1
A/Brazil/441/2009 08-06-09 RDQ gat E1C2/C1
A/Iran/2521/2009 08-00-09 RDQ gat E2+E1
***** Total 4 multiple passages
Here's a direct link to the study (hat-tip to IOH); http://vir.sgmjournals.org/cgi/conte...r.0.016691-0v1
All of this information came from the GISAID database, currently containing 4418 pH1N1 isolates.
Thanks to all the originating labs for their work on these sequences.
Here is a list of all the sequences using egg passage which do not have any mutations in positions D225 and Q226:
*note: Some of these were submitted in large groups; where you see "also" means those are part of that group and are of the same time frame with the same passage and no mutations.
RDQ gat
A/Cherkasy/353/2009 RDQ gat 11-02-09 E1
A/Cherkasy/346/2009 RDQ gat 11-02-09 E1
A/Cherkasy/332/2009 RDQ gat 10-30-09 E1
A/Cherkasy/333/2009 RDQ gat 11-02-09 E1
A/Cherkasy/335/2009 RDQ gat 11-02-09 E1
A/Cherkasy/321/2009 RDQ gat 11-01-09 E1
A/Russia/61/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/4/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/180/2009 11-05-09 RDQ gat E1
A/Russia/171/2009 11-12-09 RDQ gat E1
A/Russia/12/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/191/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/14/2009 11-01-09 RDQ gat E1
A/Russia/74,178,190,200 RDQ gat E1
A/Argentina/HNRG5/2009 06-22-09 RDQ gat E1
Also:>48,45,44,42,41,40,39,37,36,33,32,31,30,3,23, 21,
18,17,15,14,13>all gat E1
A/Russia/165/2009 11-10-09 RDQ gat E1
A/Russia/19/2009 11-01-09 RDQ gat E1 1151-
A/Fujian/SWL3/2009 05-29-09 RDQ gat E1
A/Panama/303373/2009 05-18-09 RDQ gat E1
Also: 303370, 303360, 303328, 303270, 303246
Also: 303238, 303066, 303053, 303052
A/Mexico/4108/2009 04-03-09 RDQ gat E1
A/Delaware/03/2009 04-28-09 RDQ gat E1
A/Delaware/02/2009 04-28-09 RDQ gat E1
A/Guangdong/1/2009 05-18-09 RDQ gat E1
A/Auckland/3/2009 04-25-09 RDQ gat E1
***** Total of 57 with E1
A/Bangladesh/3009/2009 12-19-09 RDQ gat E2
A/Korea/9741/2009 09-22-09 RDQ gat E2
A/Texas/70/2009 09-09-09 RDQ gat E2
A/Tomsk/01/2009 00-00-09 RDQ gat Chicken embryo 2
A/Iraq/8529/2009 09-08-09 RDQ gat E2
A/TASMANIA/2005/2009 07-03-09 RDQ gat E2
A/FIJI/2035/2009 07-02-09 RDQ gat E2
A/FIJI/2029/2009 07-06-09 RDQ gat E2
A/Texas/70/2009 09-09-09 RDQ gat E2
A/Texas/04/2009 04-14-09 RDQ gat E2
A/Korea/9741/2009 09-22-09 RDQ gat E2
A/Fujian/SWL6/2009 05-31-09 RDQ gat E2
A/GUAM/2049/2009 07-23-09 RDQ gat E2
A/DARWIN/2131/2009 08-14-09 RDQ gat E2
A/WELLINGTON/188/2009 07-10-09 RDQ gat E2
A/WELLINGTON/9/2009 06-09-09 RDQ gat E2
A/DARWIN/2124/2009 07-09-09 RDQ gat E2
Also 2125,2126 and Victoria/2083
A/New York/45/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/California/17/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/New York/35/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/New York/39/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/South Carolina/10/2009 04-26-09 RDQ gat E2
A/New York/19/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/New York/17/2009 04-00-09 RDQ gat E2
A/New York/16/2009 04-24-09 RDQ gat E2
A/Colorado/04/2009 04-26-09 RDQ gat E2
A/Colorado/03/2009 04-27-09 RDQ gat E2
A/California/11/2009 04-24-09 RDQ gat E2
A/Arizona/03/2009 04-26-09 RDQ gat E2
A/Arizona/02/2009 04-26-09 RDQ gat E2
A/Shandong/1/2009 05-10-09 RDQ gat E2 4151-
A/New York/21/2009 04-24-09 RDQ gat E2
A/Texas/09/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/New York/28/2009 04-00-09 RDQ gat E2
A/New York/27/2009 04-00-09 RDQ gat E2
Also: A/New York/26/2009 RDQ E2
A/New York/24/2009 RDQ E2
A/New York/23/2009 RDQ E2
Also: NY/14,12,09,18,
A/Mexico/4486/2009 04-14-09 RDQ gat E2
A/Mexico/4482/2009 04-14-09 RDQ gat E2
A/New York/20/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/California/08/2009 04-09-09 RDQ gat E2
A/Kansas/03/2009 04-24-09 RDQ gat E2
A/Auckland/1/2009 04-25-09 RDQ gat E2
A/Mexico/4108/2009 04-03-09 RDQ gat C1/E2
**** Total 52 with E2
A/North Carolina/38/2009 10-21-09 RDQ gat E3
A/Argentina/HNRG20/2009 06-00-09 RDQ gat E3
A/California/08/2009 04-09-09 RDQ gat E3
A/Iraq/8531/2009 09-08-09 RDQ gat E3
A/PORT MORESBY/2009 00-00-09 RDQ gat E3
***** Total 5 with E3
A/Belgorod/05/2009 11-30-09 RDQ gat E3/E1
A/Belarus/94/2009 09-02-09 RDQ gat E1,E1
A/Brazil/441/2009 08-06-09 RDQ gat E1C2/C1
A/Iran/2521/2009 08-00-09 RDQ gat E2+E1
***** Total 4 multiple passages
Comment