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Please see corresponding news thread:
UK: Reports of Approximately 57 Deaths and 800+ Patients in intensive care (50 deaths confirmed by HPA as for Jan. 06 2011) due to influenza
Perhaps one of the contributing sparks in the <st1:place w:st="on"><st1:country-region w:st="on">UK</st1:country-region></st1:place> has been located.
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<o:p></o:p>
Two adjacent bird flu polymorphisms are emerging on the pandemic H1N1 NA segment primarily within 2010 human sequences that carry the HA 188T. This two change combination is found in PF11 on 17 Neuraminidase sequences, but more than 200 times in Avian H3N8, Avian H1N1 and every Avian HxN1 serotype from H2N1 to H12N1. The UKWhiteChapel4880374_2M_2010_11_28 carries these two adjacent NA changes.
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<o:p></o:p>
HA 188T is highly correlated with NA syn240T & 241I combination.
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<o:p></o:p>
HA<o:p></o:p>
<o:p></o:p>
. . . . UKWhiteChapel4880374_2M_2010_11_28 (<o:p></o:p>
. . . . . . . . 0A,<o:p></o:p>
. . . . . . . . syn55L [S9, H5N1], <o:p></o:p>
. . . . . . . . . . . . . . [Iran16273_2009_11_22 with 226R<o:p></o:p>
. . . . . . . . . . . . . . NZ_Waikato2_2010_01_04 with 233H,<o:p></o:p>
. . . . . . . . . . . . . . tkOntarioFAV117_1C_2009_12_07, et al],<o:p></o:p>
. . . . . . . . 188T [H6N1, H7N7],<o:p></o:p>
. . . . . . . . syn338G [H3N8, H4, H5, H6, sw],<o:p></o:p>
. . . . . . . . . . . . . . . [OzBrisbane209_51F_2010_08_09<o:p></o:p>
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 156E & 225G,<o:p></o:p>
. . . . . . . . . . . . . . . Arizona05_2010_05_11 with 0A,<o:p></o:p>
. . . . . . . . . . . . . . . Swine Asia 2005 with 0A, et al]<o:p></o:p>
. . . . . . . . 377K,<o:p></o:p>
. . . . . . . . 454N [H7N3, H7N7, H9N2]
. . . . . . . . . . [Florida14_24M_2010_08_05
. . . . . . . . . . . . . . . . . . with 188T, 454N,
. . . . . . . . . . FL_Pen210_2009_11_10
. . . . . . . . . . . . . . . . . . with 225E,
. . . . . . . . . . SouthCarolina18_2009_09_16_VxX
. . . . . . . . . . . . . . . . . . with 159D, 224K, et al],<o:p></o:p>
. . . . . . . . syn529L ctTgtagtctccctgggg)
<o:p></o:p>
<o:p></o:p>
NA
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<o:p></o:p>
. . . . UKWhiteChapel4880374_2M_2010_11_28 (<o:p></o:p>
. . . . . . . . 79P,<o:p></o:p>
. . . . . . . . 100H mix wt,<o:p></o:p>
. . . . . . . . syn109G,<o:p></o:p>
. . . . . . . . syn240T,<o:p></o:p>
. . . . . . . . 241I,<o:p></o:p>
. . . . . . . . 369K,<o:p></o:p>
. . . . . . . . syn377P)
Notes:<o:p></o:p>
syn240T with 241I
BLAST string=ggttcttgctttaccata, <o:p></o:p>
GISAID exam=212 matches
pH1N1 2010 Human ~ 16
pH1N1 2009 Human ~ 1
Remainder are Avian Influenza:
H3N8 mallard/Ohio/184/1986
Avian H1N1, H2N1, H3N1, H4N1, H5N1, H6N1, H7N1, H9N1, H10N1, H11N1, H12N1
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UK: Reports of Approximately 57 Deaths and 800+ Patients in intensive care (50 deaths confirmed by HPA as for Jan. 06 2011) due to influenza
Perhaps one of the contributing sparks in the <st1:place w:st="on"><st1:country-region w:st="on">UK</st1:country-region></st1:place> has been located.
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Two adjacent bird flu polymorphisms are emerging on the pandemic H1N1 NA segment primarily within 2010 human sequences that carry the HA 188T. This two change combination is found in PF11 on 17 Neuraminidase sequences, but more than 200 times in Avian H3N8, Avian H1N1 and every Avian HxN1 serotype from H2N1 to H12N1. The UKWhiteChapel4880374_2M_2010_11_28 carries these two adjacent NA changes.
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HA 188T is highly correlated with NA syn240T & 241I combination.
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. . . . . . . . 454N [H7N3, H7N7, H9N2]
. . . . . . . . . . [Florida14_24M_2010_08_05
. . . . . . . . . . . . . . . . . . with 188T, 454N,
. . . . . . . . . . FL_Pen210_2009_11_10
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. . . . . . . . 100H mix wt,<o:p></o:p>
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Notes:<o:p></o:p>
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GISAID exam=212 matches
pH1N1 2010 Human ~ 16
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Remainder are Avian Influenza:
H3N8 mallard/Ohio/184/1986
Avian H1N1, H2N1, H3N1, H4N1, H5N1, H6N1, H7N1, H9N1, H10N1, H11N1, H12N1
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